进行论文自我查重时，首先要选择合适的查重工具，如Turnitin、iThenticate等。其次，上传论文进行查重，注意调整查重参数，如排除引用部分。最后，查看查重报告，分析重复率及重复内容，并进行修改。与知网查重相比，自我查重更能保护论文原创性，避免不必要的风险。

论文自我查重与知网查重各有优劣。自我查重灵活方便，可多次查重及修改，能够更好地保护论文的原创性。而知网查重虽然全面，但需要付费且存在一定局限性。因此，根据实际情况选择合适的查重方式，保证论文质量和原创性。