本科论文查重软件和知网作为两种常见的查重工具，各有优缺点。本科论文查重软件可以更全面地检测论文的相似度，提供详细的查重报告，同时支持多种文献格式的查重。然而，部分免费的本科论文查重软件可能存在查重准确性不高的问题，需要谨慎选择。而知网作为知名的文献检索平台，具有海量的文献资源和权威性，查重结果较为准确。但知网查重需要付费，且只能检测文献原文，对于非学术文献查重效果较差。

本科论文查重软件和知网在使用上各有优势。本科论文查重软件操作简单，速度快，适合普通用户使用。而知网在学术界有较高的认可度，查重结果更加权威可信，适合科研人员和学术机构使用。综上所述，选择本科论文查重软件还是知网，需根据具体需求和经济能力进行权衡，以达到最佳的查重效果。